Los programas de Maestría y Doctorado en Ciencias de la Computación del CICESE se desarrollaron bajo la iniciativa de un grupo de profesores y líderes de proyectos siguiendo la ideas de investigadores y pedagogos de fama mundial.El proceso educativo propuesto se guía por líneas conceptuales de conocimiento (teoría, modelación y diseño) y acción (escuchar, completar y aprender) orientadas a graduar individuos que sean competentes ante la vida y en ejercicio de su profesión. El programa está conceptualmente orientado hacia áreas de cómputo especialmente significativas desde varios puntos de vista: de interés nacional, del interés local de centros de investigación y educación, así como por su valor innovador. Estas áreas son: computación científica, computación distribuida, en paralelo, inteligencia artificial, procesamiento de imágenes y visión. Además de los cursos correspondientes, las áreas son presentadas en proyectos dirigidos por investigadores con quienes el estudiante obtendrá experiencia en investigación, reforzará su conocimiento y habilidad, y podrá desarrollar su proyecto de tesis de maestría. Los programas de Maestría y de Doctorado en Ciencias de la Computación se encuentren registrados dentro del PNP de CONACYT.